El mal aliento o halitosis está causado por ciertas comidas o sustancias ingeridas, como el ajo y el alcohol; por la caries u otra enfermedad dental y por la fermentación de partículas de alimentos en la boca. Esta última es favorecida durante el sueño. Ciertas bacterias, como la Streptococcus mutans, aprovechan esta circunstancia para engrosar la placa dental, que al solidificarse forma el sarro. Además, otros microorganismos descomponen de forma anaerobia restos alimenticios atrapados entre los dientes. El mal aliento matinal también puede verse agravado por los gases que son reabsorbidos a nivel del colon y que se liberan a través de la superficie pulmonar al respirar.
Cabe destacar, que las infecciones odontogénicas permiten la retención de restos de comida en lesiones cariosas profundas y grandes áreas interdentales, dientes malignos, restauraciones defectuosas, pulpa necrótica expuesta, uso excesivo de prótesis acrílicas por la noche, infección de heridas en el sitio de extracción y prótesis mal ajustadas. La ausencia de saliva o hipofunción produce un aumento de la carga microbiana gramnegativa, lo que aumenta los compuestos volátiles de azufre (VSC), una causa conocida de mal olor. Varias lesiones de la mucosa como sífilis, tuberculosis, estomatitis, neoplasia intraoral y periimplantitis permiten la colonización de microorganismos que liberan una gran cantidad de compuestos malolientes.
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